江晓来到了小田卷博士的研究所，大木博士告诉江晓，让江晓来小田卷博士的研究所自己要过来。
而后江晓赶到研究所发现还没到时间还早，再一次去锻炼自己的神奇宝贝。
很快时间差不多了回到研究所小田卷博士已经回来准备去接大木博士，江晓一同前往。
而路上遇见了小智等人，小智一同前往而小刚与小瑶小胜一同回去，当小刚他们回到研究所。
发现大木博士在这里，再聊了一会儿天后，小刚遇到了一些事进入研究所内部使用研究所的通讯功能正在与他家里通话。
而这时火箭队来了，抢走了六只初始神奇宝贝，也就是小火龙，杰尼龟，妙蛙种子与火稚鸡，水跃鱼，木守宫。
小瑶拿出神奇宝贝结果被火箭队吸走了，这一次火箭队选择直接逃跑小刚听到动静出来一同追击。
而小田卷博士的助手负责联系小田卷博士，四人在追剧中追到了一个山洞，结果再一次被火箭队坑了。
同时小刚的神奇宝贝也被拿走，在众人的合力之下终于全部逃了出来，而后成功将六只初始神奇宝贝救了出来。
利用超音蝠与妙蛙种子，将小瑶与小刚的神奇宝贝全拿了回来，紧接着便偷偷的离开。
这一次火箭队学聪明了，没让众人逃脱很快江晓他们赶到了，这一次火箭队的布置江晓不好拆门。
在里面有一道牢笼将他们关在门的前方，如果将门推倒会伤到他们，江晓想到了办法。
而后江晓放出水系的让小智也放出水系的说道，让水系的神奇宝贝，对准门的旁边缝隙使用水枪。
随后江晓让大木博士，他们指挥神奇宝贝使用冲击绝招，大门应声而倒火箭队乘坐机器飞了出来。
江晓直接放出快龙，使用百万顿拳击将机器人打破爆炸火箭队飞了出去，众人接着回到了小田卷博士研究所。
江晓便向两位博士提出了问题，说自己找到了如何分辨刺尾虫会向哪个方向进化？
听到了这个话题小田卷博士来了兴趣，大木博士同样也有了兴趣，而后众人都围了过来。
江晓便开口了，自己通过了很多场验证之后发现了这个问题刺尾虫，如果不仔细观察会觉得他们都一样。
但如果仔细观察，就会发现他们的颜色有两种，这时候小田卷博士提出了疑问，江晓在解答了疑问后。
继续说自己的研究发现，刺猬种颜色深红，进化最终路线毒粉虫，而同样刺猬种颜色浅红，将会进化为狩猎凤蝶。
随后两位博士便互相探讨了很多的数据，将刺尾虫的数据，进行了分析之后，发现这一方面的研究还真少。
随后让江晓要发一份论文，这些成果属于江晓的他们不会占为己有。
而江晓能够第一时间将自己的研究告诉自己算非常尊敬他们，而像这种情况，从来没有人会与别人讨论。
都是先发论文而后再一同讨论数据，随后江晓让他们发，自己没有这个想法。
这些成果江晓从来没有去想过，让大木博士与小田卷博士共同发表论文，是关于刺尾虫的。
而后两位博士也没有再纠结这个问题，共同将一篇论文发了出去在江晓的极力阻止之下。
最终没将自己报道出去，这篇论文以小田卷博士以大木博士为主，报道着这一大发现是两位博士的发现。
在这之后众人向小田卷博士与大木博士告别后，赶往了新的旅程绿茵市，开启了新的旅程。
江晓在到达港口后便独自离开了，在寻找到森林后，在森林里寻找了一番新的神奇宝贝。
但依然没有寻找的结果，锻炼神奇宝贝没有落下，很快江晓锻炼一番后再休息，却遇见了小瑶与小智在争吵。
同时火箭队也出现了，江晓跳了出去摸了摸小瑶的头，带着众人进入森林里。
来到了江晓帐篷的位置，开导小智与小遥一番二人都知道错了，紧接着遇见使用尼多王与尼多后双打的人。
江晓与小瑶和他们开展了一局，小瑶依然使用向尾喵，江晓使用甲壳龙，但每次向尾喵攻击的时候，江晓都会让甲壳龙进行了辅助。
而后甲壳龙进行着攻击，不断的连招让尼多王与尼多后不停的抵挡很快，相序败北。
而后江晓便离开了，虽然江晓的开导让两人服气，但多少会有一点不服气，小瑶与小智在通过这场战斗。
都看出互相在之前到底是哪里出了问题？向对方互相道歉而后便再次踏上了旅行。
而后小智一行人，在路过一片山坡的时候，一只盔甲鸟突然对他们进行了攻击。
小瑶盔甲鸟抓住带入了一片围栏内部，众人追过去，在这里有两个人拦住了他们的去路。
就在着急的时候，江晓从旁边的森林里走了出来，小智他们向江晓解释，江晓一脚踩在了那木头上。
随后纵身一跃，进入禁地森林内部，就算想要阻拦江晓也不可能了，江晓已经跑了进去。
而小智他们被带去寻找长老，江晓进入森林内部后四处寻找，很快找到了正在逃跑的小瑶。
江晓把将她拉入自己的怀里，随后放出了波导，告诉那些神奇宝贝自己是来救人的，我们只是不小心误入。
但那些神奇宝贝还在继续往前冲，将晓身上的气势向上攀升，霸王色直接使用了出来。
冲在前面的精灵们有一些直接倒在了地上，其他神奇宝贝犹豫了，随即便使用了催眠粉。
江晓双手抱住小瑶随后纵身一跃，跳到了树木的顶端，随后江晓加重了霸王色。
底下的神奇宝贝直接被震晕了过去，江晓跳在另一棵树上随即离开，这一片催眠粉区。
小瑶刚才被吓到有一点不轻，所以现在小瑶还紧紧抱着江晓，在江晓的怀里，完全找到了安全感。
很快又遇到了其他的神奇宝贝来堵截，妙蛙花和妙蛙种子出现了，随后跟着妙蛙花与妙蛙种子来到了她的休息地点。
小瑶独自与妙蛙种子在一旁玩耍，江晓妙蛙花用波导之力正在谈论，这些草系神奇宝贝的怒火原因。
很快江晓与妙蛙花的谈论结束后，江晓准备带着小瑶离开，妙蛙种子跟着小瑶。
而后妙蛙花也开口了，江晓让小遥收服妙蛙种子。
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