威斯克找到阿莱克茜亚并向她讨要维罗尼卡病毒。阿莱克茜亚和威斯克一交手便打跑了威斯克。克里斯和克莱尔即将逃离南极基地之际阿莱克茜亚追至，通过一番艰难的对决，克里斯最终借助这一区域的高能武器消灭了阿莱克茜亚并引爆了南极基地。威斯克则在此之前回收了斯蒂夫身上感染的维罗尼卡病毒。
（于2012年发行的TPS游戏《生化危机：浣熊市行动》揭示了一系列浣熊市背后的剧情，不过和正统剧情有一定冲突，可视为平行世界剧情参考。）
在1998年浣熊市生化危机爆发后，实际上有两支部队被派去击败守在浣熊市底下研究所的雇佣兵，并回收威廉博士持有的G病毒，分别是由汉克带领的U.S.S（安布雷拉秘密工作部队）Alpha小队和“狼母LUPO”带领的Bravo小队，在G病毒回收期间Alpha小队除队长汉克外全数阵亡，并导致威廉博士变异与病毒散入浣熊市下水道（生化危机2），而Bravo小队则在逃脱变异威廉博士的追杀后来到浣熊市市区，并且接到新任务——杀掉里昂.S.肯尼迪，期间遇到以EchoSix为首的美军特种部队，并在市政府，警察局等地与其激战（一定程度上接上了生化危机3和爆发的剧情），在与“复仇女神”等变异体激战后，USS部队得知里昂躲了起来，并被美军保护着，而且得知浣熊市即将被摧毁，USS小队要想撤退就必须杀掉里昂，于是USS部队内部起了矛盾，一方主张放走里昂，一方主张杀掉（由玩家选择），之后的剧情由玩家脑补。
之后添加了美军特种部队Echosix的剧情，是与USS部队反向的，回声小队的任务是找到藏于地下的安布雷拉设施，摧毁它，并且调查病毒事件的真相，不过期间遇到吉尔，而最后的决战则是无选择的与威廉博士对弈，里昂与克莱尔乘坐美军的直升机逃脱。
2002年，和里昂一起接受特工训练的战友杰克·克劳撒（Jack·Krauser）在一次直升机事故中遇害身亡。实际上他借此机会投靠了阿尔伯特·威斯克。此时，世界三大巨头的公司合并，由迷之组织引导，成为三联公司。它涉及到生物医药、矿产开发、工业兵器生产三个领域。阿尔伯特·威斯克加入三联公司。
2004年（生化危机4游戏剧情），萨德勒的研究员路易斯·赛纳（Luis·Sera）发现了教主的野心并且意识到自己的力量不足，于是向曾经的同学约翰求救。收到求救信息的却是艾达。克劳撒为了取得萨德勒的信任而绑架了美国总统的女儿阿什莉·格雷厄姆（Ashley·Graham）。此后，完成了特工训练已经成为总统私人保镖的里昂·斯科特·肯尼迪受命前往西班牙救援总统千金。威斯克为了取得寄生虫样本，派遣艾达前来协助克劳撒。里昂在村庄里受到暴民的围攻，艰苦脱险后击倒村长进入城堡。里昂重遇艾达，两人却形同陌路。阿什莉被城主拉蒙·萨拉查送往遥远孤岛上的军事基地，里昂则与城主开战，里昂击倒城主，与艾达一同前往孤岛。里昂遇到了两年前在事故中丧生的杰克·克劳撒，并与之一战，最终打倒了克劳撒。救下被教主萨德勒抓住的艾达后里昂与艾达协力击倒了萨德勒，艾达回收了寄生虫样本后启动了自爆装置，里昂与阿什莉乘坐救生艇逃脱，孤岛沉入海中。而路易斯为了帮助里昂被萨德勒杀死。艾达把寄生虫样本交给了阿尔伯特·威斯克。此时威斯克已经成为三联公司的首席。此后数年，三联公司继Umbrella继续开发T病毒和G病毒，并将LasPlagas用病毒该良，使其拥有更高的攻击能力，可以在青年人身上寄体，使寄主失去理智，但拥有更高的智能和攻击意识。
2005年（CG电影生化危机：恶化剧情），美国政府事后迫于舆论压力冻结了Umbrella的资产，Umbrella的股票也一蹶不振，最终破产。同年，浣熊地区生化危机事件幸存者之一克莱尔·雷德菲尔德在哈弗维尔的机场等人，不料警察在人群中发现了一名丧尸，随后警察也被感染，机场一片混乱。接着，一架飞机紧急着陆，撞毁了机场大厅，从飞机上下来的全是丧尸。而今晨美国参议院的一名参议员正好在这个机场准备离开，同样被困。
白宫派遣浣熊市生化危机事件的幸存者，同时也是总统直属特工的里昂·斯科特·肯尼迪前往协助特种部队应对危机。策划这起事件的是7亲人在浣熊市被害的柯提斯·米勒（Curtis·Miller），他得到了“G”病毒。他的要求是美国政府公开浣熊地区生化危机事故的真相。在注射了“G”病毒之后，柯提斯疯狂攻击里昂和自己的妹妹，在特种部队服役的安吉拉·米勒（Angela·Miller）。最终里昂和安吉拉协力击败柯提斯，与克莱尔一起逃出并且炸毁了大楼。
2009年（生化危机5剧情）
克里斯·雷德菲尔德和吉尔·瓦伦蒂安参与建立生化恐怖主义安全评估联盟（BSAA），在第一次执行任务，进入安布雷拉公司创始人奥斯威尔·E·斯宾塞隐藏的别墅，遭遇威斯克，在恶战之后吉尔与威斯克一同掉下悬崖，并被BSAA认为吉尔已经阵亡，克里斯因此而自责许久，之后克里斯被派往西非调查当地疑似种族冲突的事件。克里斯来到西非无名小镇，此地在三国交界的活火山上。他遇见BSAA西非分部特工谢娃·阿洛玛（Sheva·Alomar）。一开始当地的居民均是十分健康，但随着火山的爆发，居民渐渐成为类似于丧尸的怪物。而这些人们变成怪物的原因居然是被LasPlagasII（LasPlagas二代）寄体，克里斯和谢娃陷入苦战。经过一番斗争后，两人成功阻止了幕后黑手威斯克的野心并在一座活火山口合力消灭了他。
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