新纪元开启已有千年。新生宇宙法则温和，星海间充满了蓬勃的生机。在曾是“初始之地”的星域，一颗湛蓝色的星球——被后世称为“希望摇篮”的星球上，万物竞发。一种智慧生命“启灵族”开始建立城邦，探索星空。他们天性平和，富有创造力，其文明发展速度远超旧纪元任何种族。墨离、雷顿等当年的幸存者，选择隐匿身份，作为观察者和守护者，默默引导着这个新生的文明，避免其重蹈覆辙。宇宙看似步入了一个充满希望的黄金时代。然而，他们内心深处，始终萦绕着一份对苏锦书和萧夜玄的思念，以及一丝难以言喻的隐忧——源庭和影族，真的被彻底终结了吗？
（第2节：遗迹惊变，阴影再临）一日，“希望摇篮”的探险队在一处远古山脉深处，发现了一座不属于本纪元、风格冷峻诡异的金属遗迹。遗迹深处，一台处于休眠状态的源庭低级“净化者”机器人被意外激活！虽然这台机器人很快被墨离等人联手摧毁，但此事敲响了警钟——源庭的造物，如同病毒的孢子，并未随着旧纪元完全消失，它们只是潜伏在了新生宇宙的各个角落，等待复苏的指令！
更令人不安的是，启灵族中的一些激进分子，在研究遗迹科技时，竟开始崇拜那种绝对秩序的力量，认为那才是宇宙的终极真理，暗中成立了“新秩序教派”。与此同时，在一些偏远的星域，开始流传起生灵莫名陷入永恒沉睡（疑似影族手段）的诡异传闻。希望的晨曦之下，旧的阴影似乎正以新的形式悄然滋生。
面对潜在的危机，墨离等人忧心忡忡，却感到力不从心。他们终究是旧纪元的遗民，难以完全融入并主导新纪元的发展。就在绝望蔓延之际，奇迹发生了！
墨离佩戴的一枚由苏锦书最后能量凝聚的晶石（纪念品），与雷顿珍藏的、蕴含萧夜玄一丝雷元气息的碎片，在“希望摇篮”星球的世界树（新生宇宙生命力的象征）下，产生了强烈的共鸣！世界树仿佛被唤醒，亿万树叶无风自动，发出悦耳的吟唱。纯净的生命能量与晶石、碎片交融，引动了深植于新宇宙法则深处的“变量”——苏锦书留下的希望意志与萧夜玄的不确定性种子！
在墨离、雷顿等人激动万分的注视下，世界树的枝叶间，光芒汇聚，逐渐形成了两个模糊的、由纯粹光和能量构成的婴儿轮廓！他们虽无实体，却散发着与苏锦书、萧夜玄同源的气息，更蕴含着整个新宇宙的祝福与期待！这是苏锦书和萧夜玄的意志，借助世界树的生命力和他们留下的“变量”，以另一种形式的重生！他们是新纪元的“希望之种”！
两个能量婴儿的出现，震惊了整个“希望摇篮”。他们被启灵族尊为“天命之子”，由墨离和雷顿等人秘密抚养教导。男孩（萧夜玄意志所化）天生掌控着充满活力的混沌雷元（新生版本，更偏向创造），女孩（苏锦书意志所化）则对万物能量有着天生的亲和与理解力，眉心一点光芒，宛如初生源点。
然而，随着他们逐渐长大，隐藏在新生宇宙的危机也愈发显现。“新秩序教派”活动日益猖獗，他们似乎找到了激活更多源庭遗迹的方法；而那片导致生灵沉睡的“永眠星域”也在不断扩大。更令人心悸的是，近期，一些遥远的星系传来了整个星系“秩序化”（被无形力量强行统一规则，失去活力）或“虚化”（逐渐变得透明，仿佛要融入虚无）的恐怖报告！
这一日，少年和少女站在世界树顶，眺望星空。少年手中雷光跃动，充满战意：“那些不好的东西又冒出来了。”少女目光宁静却坚定，她感受到冥冥中的召唤：“这个世界需要守护。墨离叔叔说，我们的诞生，或许就是为了完成父母未尽的使命。”
与此同时，在宇宙的深处，某个刚刚被“秩序化”的星系中央，一个冰冷的意识缓缓苏醒，发出了跨越星海的讯息：
“检测到高优先级威胁单位：‘希望之种’……执行净化协议……”
而在一片正在“虚化”的星云里，一道阴影凝聚，发出无声的尖啸：
“新鲜的光……令人作呕……必须……归于沉寂……”
新的纪元，新的生命，却仿佛迎来了旧的宿敌。肩负着前世意志与今生使命的“希望之种”，他们的征程，即将开始。
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